90 % des égyptiens sont musulmans sunnites et sont affiliés à l’autorité suprême du cheick de la mosquée Al-Azhar ( الجامع الأزهر ). Les chrétiens coptes représentant eux 10 % de la population majoritairement regroupés dans la région de la Haute-Égypte. Au sein même de cette minorité, la majorité des chrétiens sont de rite copte orthodoxe par rapport aux coptes catholiques. Quelques milliers de chrétiens levantins de rite grec catholique, grec orthodoxe ou maronite cohabitent ainsi qu’une minorité arménienne orthodoxe et catholique.
Les attaques interconfessionnelles ne sont pas rares en Égypte ainsi que les attentats contre les minorités coptes et leurs lieux de cultes. On note une intolérance religieuse grandissante et des violences sectaires contre la communauté copte. Un attentat à la bombe près d’une église copte au moment de la messe des Rameaux, au nord du Caire, a fait au moins 27 morts, le 8 avril 2017. Une deuxième explosion près d’une église, à Alexandrie, a fait 16 morts le même jour.
Avant l’arrivée de l’islam au VIIe siècle, le christianisme est la religion prédominante dans le pays, c’est même l’un des premiers pays à avoir embrassé cette foi.
Le patriarche de l’Église copte orthodoxe est depuis 2012 S.B. Théodore II. Le patriarche de l’Église copte catholique est depuis janvier 2013 S.B. Ibrahim Isaac Sidrak.